目前认为引起分泌性中耳炎的主要病因有咽鼓管功能障碍、感染和免疫反应等。

（1）咽鼓管功能不良：一般认为，咽鼓管功能障碍是本病的基本病因。

机械性阻塞：如腺样体肥大、肥厚性鼻炎、鼻咽部肿瘤或林把组织增生，以及长期的鼻咽腔填塞等；头部放射治疗后鼻咽部及咽鼓管黏膜肿胀，局部静脉和淋巴回流障碍，均可导致分泌性中耳炎。

功能障碍：司咽鼓管开闭的肌肉收缩无力，咽鼓管软骨弹性较差，当鼓室处于负压状态时，咽鼓管软骨段的管壁容易发生塌陷。

（2）感染：中耳积液中细菌培养阳性者约为1/2～1/3，其中主要致病菌为流感嗜血杆菌和肺炎链球菌。细菌学和组织学检查结果以及临床征象表明，分泌性中耳炎可能是中耳的一种轻型的或低毒性的细菌感染。细菌产物——内毒素在发病机制中，特别是病变迁延为慢性的过程中可能具有一定作用。同时，也有报道发现有病毒或衣原体感染的证据。

（3）免疫反应：中耳为一独立的免疫防御系统，随着小儿年龄的增长发育方逐渐成熟。由于中耳积液中细菌培养阳性率较高，延性介质——前列腺素等的存在，及积液中细菌的特异性抗体和免疫复合物以及补体系统、溶酶体酶的出现等，皆提示慢性分泌性中耳炎可能是一种由抗感染免疫介导的病理过程。可溶性免疫复合物对中耳黏膜的损害（III型变态反应）可为慢性分泌性中耳炎的治病原因之一。I型变态反应与分泌性中耳炎的关系尚不明确。

复发性或慢性分泌性中耳炎可能与变应性鼻炎、慢性鼻咽炎所引起的咽鼓管功能不良有关。